Varjupaiga haldamiseks kuulutab Tartu linn iga 5 aasta tagant välja riigihanke. Käesolev riigihanke periood kestab 31.detsembrini 2028.a.
Alates 2006. aastast on varjupaika hallanud MTÜ Assisi Franciscuse Selts. Samast aastast on ka varjupaiga nimeks ka Tartu Koduta Loomade Varjupaik.
Selts on loodud varjupaiga töötajate poolt ning kuni käesoleva ajani kuulub seltsi väikesesse liikmeskonda varjupaiga praeguseid ja endiseid töötajaid.
